Esta línea se enfoca a delimitar espacial y temporalmente las condiciones de agua subterránea de la región. Identificar las zonas de captación y de recarga, cuantificar volumen y dirección de flujo en los acuíferos de la región. Desarrollando investigación cuantitativa a escala regional y local que incluye modelos hidrogeológicos del flujo y transporte de solutos. Además de aportar información para determinar la vulnerabilidad del acuífero cárstico, evaluar los impactos potenciales del cambio climático y otros fenómenos globales, y apoyar la conservación de los mantos acuíferos en la Península de Yucatán.

Esta línea se encuentra orientada a determinar Estudio de la biodiversidad y procesos ecológicos en los sistemas acuáticos continentales, costeros y oceánicos de la región. Así como la repercusión de la calidad del agua mediante su diagnóstico y monitoreo, con el fin de identificar los impactos que puedan ocasionar amenazas a la salud pública y los ecosistemas de la región.