La Maestría en Ciencias del Agua, busca ser un programa con impacto regional y nacional, así como de reconocimiento internacional, por la calidad de sus alumnos graduados. Se imparte en la Ciudad de Cancún, Quintana Roo e incluye dos líneas de investigación principales: hidrogeología y ecosistemas acuáticos y calidad de agua.

El CICY a través de sus programas de posgrado en Ciencias Biológicas, forma recursos humanos con una sólida preparación teórica/práctica en algún campo de la bioquímica, genética, biología molecular, biotecnología, fisiología vegetal y recursos naturales.

El Posgrado en Ciencias está enfocado a la formación de recursos humanos de alto nivel en las áreas de la Energía Renovable, específicamente en la bioenergía, las tecnologías electroquímicas para la energía y los sistemas híbridos de energía, para coadyuvar al desarrollo sustentable del país.

La Unidad de Materiales del CICY ofrece los programas de Maestría y Doctorado en Ciencias en Materiales Poliméricos. Ambos forman parte del Sistema Nacional de Posgrados (SNP) de la Secretaría de Ciencia, Humanidades, Tecnología e Innovación (SECIHTI).

El Doctorado en Ciencias está dirigido a profesionales con grado de maestría en las siguientes áreas: agroecología, desarrollo rural, desarrollo regional, desarrollo sustentable, agronomía, antropología, economía, ecología, geografía, biología, o perfiles que demuestren en su trayectoria una aproximación teórica y práctica a la agroecología.