Área: 1200 m2

En 1979 se constituyó el Centro de Investigación Científica de Yucatán, A.C., cuya tarea inicial estuvo dirigida a promover el desarrollo de la industria henequenera de Yucatán. Así y siendo establecido en lo que fueran plantíos de henequén abandonados, una de las primeras colecciones que surgieron en el Jardín Botánico, fue la de Agaves (henequenes, magueyes), que más tarde se amplió para incluir a todo el grupo de plantas que comparten una serie de características (v.g. el crecimiento de las hojas en forma de roseta), que las hacen agruparse dentro del Orden Asparagales. Entre ellas podemos encontrar al henequén -por supuesto-, exhibido en sus tres variedades: kitam kí (rojo), yaax ki (verde)y sac ki (blanco), así como otras plantas tan importantes como el maguey pulquero, el agave azul (de donde se obtiene el tequila), las lenguas de vaca o lengua de suegra y la despeinada (endémica de la Península, sujeta a protección especial).