El herbario CICY forma parte de la Unidad de Recursos Naturales. Fue fundado por el Dr. Roger Orellana durante el periodo 1981-1982 y llamado Herbario-Fibroteca "U Najil Tikin Xiw" (expresión maya que significa "la casa de la hierba seca").

Durante los años 1983 a 1988, fue dirigido por Enrique Estrada Loera. En esta etapa inicial, el herbario incluía básicamente colectas de Agave y la colección de referencia del Jardín Botánico Regional del CICY, llegando a tener cerca de 6,000 ejemplares. En el año 1989 el herbario YUC es incorporado al herbario CICY a raíz de la disolución del CREBIPY- INIREB. Con el herbario YUC se incorporaron cerca de 20,000 ejemplares a la colección y 11,000 números de colecta en proceso. Durante este periodo la Dra. Patricia Colunga fue directora. Luego de una breve estancia de Hermilo Quero como jefe del herbario en 1991, el Dr. Roger Orellana retoma la posición hasta 1992 cuando el herbario comienza a ser conducido por Rafael Durán García. El Dr. Durán le dio gran impulso al conseguir apoyo de CONABIO para la adquisición de mobiliario y equipo y la creación y desarrollo de una base de datos. De esta manera se reinicia así la colecta y el programa de intercambio con otros herbarios, principalmente de la región y nacionales. En 1996, Germán Carnevali Fernández-Concha asume la dirección del herbario e inicia el proyecto Flora Ilustrada de la Península de Yucatán con financiamiento de CONABIO. Este proyecto marca el inicio de un programa intensivo de colecta de la flora peninsular y de curación sistematizada de la colección. En los últimos años, el herbario ha obtenido repetidos financiamientos para su crecimiento y modernización, así como para la actualización de la base de datos.

Hoy en día el herbario incluye cerca de 70,000 muestras montadas y de 3,000 a 5,000 muestras más en proceso. De ellas, ca. 67,000 están capturadas en la base de datos del herbario. Por otra parte, se tienen convenios de intercambio con muchas instituciones de México y del exterior y varios proyectos de la Unidad de Recursos Naturales están directamente asociados al Herbario. El herbario CICY Es constantemente visitado y consultado por investigadores del CICY, locales y de otras partes del país y del exterior y es una importante herramienta de apoyo docente para el posgrado del CICY.

El herbario CICY tiene el valor intrínseco de ser la colección mas completa, mejor curada y mejor documentada de la Provincia Biogeográfica Península de Yucatán (PBPY). Además, es una colección de referencia muy importante para la flora del sureste de México y el norte de Centro América. La colección del herbario esta representada por aproximadamente un 75% de material de la PBPY y el resto por material de estados circunvecinos como son Tabasco, Chiapas, Oaxaca y de otras áreas, principalmente de la región mesoamericana.