El CICY es un Centro Público de Investigación que realiza investigación científica y tecnológica, forma recursos humanos en las áreas de la biología vegetal, los recursos naturales, la ciencia de los materiales y estudios sobre el agua, para el desarrollo sustentable del país, con la participación de personal altamente calificado, el uso de tecnologías de frontera, la colaboración con instituciones nacionales y extranjeras, y la vinculación con los sectores de la sociedad.

Ser una Institución que aporte soluciones a la problemática regional y nacional, contribuyendo al desarrollo sustentable del país, con reconocimiento internacional por sus aportaciones científicas y tecnológicas en sus áreas de competencia.
Lograr que sus programas de formación de recursos humanos sean reconocidos a nivel internacional y que sus graduados se incorporen por su calidad profesional y su espíritu de servicio al sector social, productivo, empresarial, científico y tecnológico.
Ser una institución que participe en la toma de decisiones de política científica y tecnológica a nivel regional, nacional e internacional y participe de manera dinámica en el desarrollo del país.
Lograr una infraestructura acorde con las exigencias de sus líneas de investigación y vinculación y operar en un contexto de calidad total que garantice la eficiencia de las diferentes tareas realizadas por el Centro.